Η ΕΟΚΕ διαθέτει έξι τμήματα που ειδικεύονται σε συγκεκριμένα θέματα που παρουσιάζουν ενδιαφέρον για τους πολίτες της Ευρωπαϊκής Ένωσης και αφορούν τις κοινωνικές και τις οικονομικές υποθέσεις, την ενέργεια, το περιβάλλον, τις εξωτερικές σχέσεις ή την εσωτερική αγορά. Ανάλογα με τον τομέα εμπειρογνωμοσύνης τους, τα μέλη συμμετέχουν σε ένα ή περισσότερα τμήματα, όπου συντελείται το κυρίως έργο επεξεργασίας των γνωμοδοτήσεων. Η ΕΟΚΕ διαθέτει επίσης μια Συμβουλευτική Επιτροπή Βιομηχανικών Μεταλλαγών (CCMI), που συνδράμει την ευρωπαϊκή βιομηχανία να προετοιμαστεί και να προσαρμοστεί στον αντίκτυπο της παγκοσμιοποίησης.
Τα τμήματα / επιτροπή της ΕΟΚΕ είναι τα εξής:
- Οικονομική και Νομισματική Ένωση, οικονομική και κοινωνική συνοχή – ECO
- Ενιαία αγορά, παραγωγή και κατανάλωση – INT
- Μεταφορές, ενέργεια, υποδομές, κοινωνία των πληροφοριών – TEN
- Απασχόληση, κοινωνικές υποθέσεις και δικαιώματα του πολίτη – SOC
- Γεωργία, αγροτική ανάπτυξη και περιβάλλον – NAT
- Εξωτερικές σχέσεις – REX
- Συμβουλευτική Επιτροπή Βιομηχανικών Μεταλλαγών – CCMI
Η ΕΟΚΕ διαθέτει ακόμη τρία ειδικά παρατηρητήρια —για την Ενιαία Αγορά (ΠΕΑ), για την Αγορά Εργασίας (ΠΑΕ) και για τη Βιώσιμη Ανάπτυξη (ΠΒΑ)—, καθώς και την ομάδα «Ευρωπαϊκό Εξάμηνο».
Έχει επίσης συσταθεί μια ομάδα επαφής για την αλληλεπίδραση με τις ευρωπαϊκές οργανώσεις και δίκτυα της κοινωνίας πολιτών και την παρακολούθηση κοινών πρωτοβουλιών.