EESRK veikia šeši skyriai, kurie specializuojasi Europos Sąjungos piliečiams svarbiais konkrečiais klausimais socialinių, ekonominių reikalų, energetikos, aplinkos, išorės santykių ir vidaus rinkos srityse. Nariai dalyvauja viename ar keliuose skyriuose, atsižvelgiant į jų kompetencijos sritis, ir būtent čia atliekama nemaža nuomonių parengiamojo darbo dalis. EESRK taip pat turi Pramonės permainų konsultacinę komisiją (CCMI), kuri padeda ES pramonei prognozuoti globalizacijos raidą ir prie jos prisitaikyti.
EESRK skyriai ir komisijos:
- Ekonominės ir pinigų sąjungos, ekonominės ir socialinės sanglaudos skyrius (ECO)
- Bendrosios rinkos, gamybos ir vartojimo skyrius (INT)
- Transporto, energetikos, infrastruktūros ir informacinės visuomenės skyrius (TEN)
- Užimtumo, socialinių reikalų ir pilietybės skyrius (SOC)
- Žemės ūkio, kaimo plėtros ir aplinkos skyrius (NAT)
- Išorės santykių skyrius (REX)
- Pramonės permainų konsultacinė komisija (CCMI)
EESRK taip pat įsteigė tris specializuotas observatorijas – bendrosios rinkos (BRO), darbo rinkos (DRO) ir tvaraus vystymosi (TVO) – ir dar Europos semestro grupę (ESG) bei grupę dėl pagrindinių teisių ir teisinės valstybės principų.
Siekiant bendrauti su Europos pilietinės visuomenės organizacijomis ir tinklais ir stebėti bendras iniciatyvas buvo įkurta Ryšių palaikymo grupė.