EESRK veikia šeši skyriai, kurie specializuojasi Europos Sąjungos piliečiams svarbiais konkrečiais klausimais socialinių, ekonominių reikalų, energetikos, aplinkos, išorės santykių ir vidaus rinkos srityse. Nariai dalyvauja viename ar keliuose skyriuose, atsižvelgiant į jų kompetencijos sritis, ir būtent čia atliekama nemaža nuomonių parengiamojo darbo dalis. EESRK taip pat turi Pramonės permainų konsultacinę komisiją (CCMI), kuri padeda ES pramonei prognozuoti globalizacijos raidą ir prie jos prisitaikyti.
EESRK skyriai ir komisijos:
- Ekonominės ir pinigų sąjungos, ekonominės ir socialinės sanglaudos skyrius (ECO)
- Bendrosios rinkos, gamybos ir vartojimo skyrius (INT)
- Transporto, energetikos, infrastruktūros ir informacinės visuomenės skyrius (TEN)
- Išorės santykių skyrius (REX)
- Žemės ūkio, kaimo plėtros ir aplinkos skyrius (NAT)
- Užimtumo, socialinių reikalų ir pilietybės skyrius (SOC)
- Pramonės permainų konsultacinė komisija (CCMI)
EESRK taip pat įsteigė tris specializuotas observatorijas: bendrosios rinkos (BRO), darbo rinkos (DRO) ir tvaraus vystymosi (TVO). Komitete taip pat yra iniciatyvinis komitetas, kuris koordinuoja paramą ES augimo ir darbo vietų kūrimo strategijai „Europa 2020“.
Siekiant bendrauti su Europos pilietinės visuomenės organizacijomis ir tinklais ir stebėti bendras iniciatyvas buvo įkurta Ryšių palaikymo grupė.