EESRK veikia šeši skyriai, kurie specializuojasi Europos Sąjungos piliečiams svarbiais konkrečiais klausimais ekonomikos, socialinių reikalų, energetikos, aplinkos, išorės santykių ir vidaus rinkos srityse. Nariai priklauso vienam ar keliems skyriams, atsižvelgiant į jų kompetencijos sritis, ir būtent čia atliekama nemaža nuomonių parengiamojo darbo dalis. EESRK taip pat turi Pramonės permainų konsultacinę komisiją (CCMI), kuri padeda ES pramonei prognozuoti globalizacijos raidą ir prie jos prisitaikyti.
EESRK skyriai ir komisija:
- Ekonominės ir pinigų sąjungos, ekonominės ir socialinės sanglaudos skyrius (ECO)
- Bendrosios rinkos, gamybos ir vartojimo skyrius (INT)
- Transporto, energetikos, infrastruktūros ir informacinės visuomenės skyrius (TEN)
- Užimtumo, socialinių reikalų ir pilietybės skyrius (SOC)
- Žemės ūkio, kaimo plėtros ir aplinkos skyrius (NAT)
- Išorės santykių skyrius (REX)
- Pramonės permainų konsultacinė komisija (CCMI)
Be to EESRK yra įsteigęs tris specializuotas observatorijas – Skaitmeninės pertvarkos ir bendrosios rinkos (SPBRO), Darbo rinkos (DRO) ir Tvaraus vystymosi (TVO), taip pat Europos semestro ad hoc grupę (ESG) ir Pagrindinių teisių ir teisinės valstybės principų ad hoc grupę.
Siekiant bendrauti su Europos pilietinės visuomenės organizacijomis ir tinklais ir stebėti bendras iniciatyvas įkurta Ryšių palaikymo grupė.