Il CESE dispone di sei sezioni specializzate che si occupano di temi specifici di rilevanza per i cittadini dell'Unione europea, riguardanti le questioni sociali ed economiche, l'energia, l'ambiente, le relazioni esterne o il mercato interno. I membri fanno parte di una o più sezioni specializzate, a seconda dei settori nei quali possiedono competenze specifiche, ed è a questo livello che si svolge il grosso del lavoro di elaborazione dei pareri. Il CESE dispone anche di una commissione consultiva per le trasformazioni industriali (CCMI), che aiuta l'industria europea a prevedere gli effetti della globalizzazione e ad adattarvisi.
Il CESE comprende le seguenti sezioni specializzate/commissione:
- Unione economica e monetaria, coesione economica e sociale – ECO
- Mercato unico, produzione e consumo – INT
- Trasporti, energia, infrastrutture, società dell'informazione – TEN
- Relazioni esterne – REX
- Agricoltura, sviluppo rurale, ambiente – NAT
- Occupazione, affari sociali, cittadinanza – SOC
- Commissione consultiva per le trasformazioni industriali – CCMI
Il CESE ha inoltre istituito tre osservatori specializzati – sul mercato unico (OMU), sul mercato del lavoro (OML) e sullo sviluppo sostenibile (OSS) – nonché un comitato direttivo per coordinare il sostegno alla strategia Europa 2020 per la crescita e l'occupazione.
È stato altresì creato un gruppo di collegamento per interagire con le organizzazioni e le reti della società civile europea e per monitorare le iniziative congiunte.