Il CESE dispone di sei sezioni che si occupano di temi specifici di rilevanza per i cittadini dell'Unione europea, riguardanti le questioni sociali ed economiche, l'energia, l'ambiente, le relazioni esterne o il mercato interno. I membri fanno parte di una o più sezioni, a seconda dei settori nei quali possiedono competenze specifiche, ed è a questo livello che si svolge la parte più consistente del lavoro di elaborazione dei pareri. Il CESE dispone inoltre di una commissione consultiva per le trasformazioni industriali (CCMI), che aiuta l'industria europea a prevedere gli effetti della globalizzazione e ad adattarvisi.
Nello specifico, le sezioni e la commissione del CESE sono:
- Sezione Unione economica e monetaria, coesione economica e sociale - ECO
- Sezione Mercato unico, produzione e consumo - INT
- Sezione Trasporti, energia, infrastrutture, società dell'informazione - TEN
- Sezione Occupazione, affari sociali e cittadinanza - SOC
- Sezione Agricoltura, sviluppo rurale e ambiente - NAT
- Sezione Relazioni esterne - REX
- Commissione consultiva per le trasformazioni industriali - CCMI
Il CESE ha inoltre istituito tre osservatori specializzati – sulla transizione digitale e il mercato unico (OMUD), sul mercato del lavoro (OML) e sullo sviluppo sostenibile (OSS) – nonché un gruppo ad hoc Semestre europeo e un gruppo ad hoc Diritti fondamentali e Stato di diritto.
È stato altresì creato un gruppo di collegamento per interagire con le organizzazioni e le reti della società civile europea e per monitorare le iniziative congiunte.