O CESE está organizado em seis secções em temas específicos de importância para os cidadãos da União Europeia, que vão desde os assuntos sociais aos económicos, passando pela energia, o ambiente, as relações externas ou o mercado interno. Os membros pertencem a uma ou mais secções, dependendo dos seus domínios de especialização, e é aí que se realiza grande parte do trabalho preparatório para os pareceres. O CESE tem também uma Comissão Consultiva das Mutações Industriais (CCMI), que ajuda a indústria da UE a antecipar o impacto da globalização e a adaptar-se.
As secções/comissão do CESE são as seguintes:
- União Económica e Monetária e Coesão Económica e Social – ECO
- Mercado Único, Produção e Consumo – INT
- Transportes, Energia, Infraestruturas e Sociedade da Informação – TEN
- Emprego, Assuntos Sociais e Cidadania – SOC
- Agricultura, Desenvolvimento Rural e Ambiente – NAT
- Relações Externas – REX
- Comissão Consultiva das Mutações Industriais – CCMI
O CESE também criou três observatórios especializados – sobre o mercado único (OMU), o mercado de trabalho (OMT) e o desenvolvimento sustentável (ODS) – além do Grupo do Semestre Europeu (GSE) e o Grupo para os Direitos Fundamentais e o Estado de Direito.
Foi criado um Grupo de Ligação para interagir com as organizações e redes europeias da sociedade civil e para acompanhar as iniciativas conjuntas.