Delo v EESO poteka v šestih strokovnih skupinah, ki so pristojne za specifična področja, pomembna za državljane Evropske unije. Ta vključujejo ekonomske zadeve, energijo, okolje, zunanje odnose in notranji trg. Člani sodelujejo v eni ali več strokovnih skupin, odvisno od njihovih strokovnih področij. V teh skupinah se opravi večina dela za pripravo mnenj. V EESO deluje tudi posvetovalna skupina za spremembe v industriji (CCMI), ki industriji EU pomaga predvidevati posledice globalizacije ter se nanje prilagajati.

V EESO so naslednje strokovne skupine in komisija:

• strokovna skupina za ekonomsko in monetarno unijo ter ekonomsko in socialno kohezijo (ECO)
• strokovna skupina za enotni trg, proizvodnjo in potrošnjo (INT)
• strokovna skupina promet, energijo, infrastrukturo in informacijsko družbo (TEN).
• strokovna skupina za zunanje odnose (REX)
• strokovna skupina za kmetijstvo, razvoj podeželja in okolje (NAT)
• strokovna skupina za zaposlovanje, socialne zadeve in državljanstvo (SOC)
• posvetovalna komisija za spremembe v industriji (CCMI)

EESO je poleg tega ustanovil tri specializirane opazovalne skupine, in sicer opazovalno skupino za enotni trg (SMO), opazovalno skupino za trg dela (LMO) in opazovalno skupino za trajnostni razvoj (SDO). V Odboru deluje tudi usmerjevalni odbor za strategijo Evropa 2020 za rast in delovna mesta.

Namen povezovalne skupine je sodelovati z evropskimi organizacijami in mrežami civilne družbe ter spremljati skupne pobude.