Delo v EESO poteka v šestih strokovnih skupinah, ki so pristojne za specifična področja, pomembna za državljane Evropske unije. Ta vključujejo ekonomske zadeve, energijo, okolje, zunanje odnose in notranji trg. Člani sodelujejo v eni ali več strokovnih skupin, odvisno od njihovih strokovnih področij. V teh skupinah se opravi večina dela za pripravo mnenj. V EESO deluje tudi posvetovalna skupina za spremembe v industriji (CCMI), ki industriji EU pomaga predvidevati posledice globalizacije ter se nanje prilagajati.
V EESO so naslednje strokovne skupine in komisija:
- strokovna skupina za ekonomsko in monetarno unijo ter ekonomsko in socialno kohezijo (ECO)
- strokovna skupina za enotni trg, proizvodnjo in potrošnjo (INT)
- strokovna skupina promet, energijo, infrastrukturo in informacijsko družbo (TEN)
- strokovna skupina za zaposlovanje, socialne zadeve in državljanstvo (SOC)
- strokovna skupina za kmetijstvo, razvoj podeželja in okolje (NAT)
- strokovna skupina za zunanje odnose (REX)
- posvetovalna komisija za spremembe v industriji (CCMI)
EESO je poleg tega ustanovil tri posebne opazovalne skupine: za enotni trg (OMU), za trg dela (OMT) in za trajnostni razvoj (ODD), pa tudi skupino za evropski semester ter skupino za temeljne pravice in pravno državo.
Namen povezovalne skupine je sodelovati z evropskimi organizacijami in mrežami civilne družbe ter spremljati skupne pobude.