Delo v EESO poteka v šestih strokovnih skupinah, ki so pristojne za specifična področja, pomembna za državljane Evropske unije. Ta med drugim vključujejo ekonomske zadeve, energijo, okolje, zunanje odnose in notranji trg. Člani sodelujejo v eni ali več strokovnih skupinah, odvisno od njihovega strokovnega znanja. V teh skupinah se opravi večina dela za pripravo mnenj. V EESO deluje tudi posvetovalna skupina za spremembe v industriji (CCMI), ki industriji v EU pomaga predvidevati posledice globalizacije ter se nanje prilagajati.
V EESO so naslednje strokovne skupine in komisija:
- Strokovna skupina za ekonomsko in monetarno unijo ter ekonomsko in socialno kohezijo (ECO)
- Strokovna skupina za enotni trg, proizvodnjo in potrošnjo (INT)
- Strokovna skupina promet, energijo, infrastrukturo in informacijsko družbo (TEN)
- Strokovna skupina za zaposlovanje, socialne zadeve in državljanstvo (SOC)
- Strokovna skupina za kmetijstvo, razvoj podeželja in okolje (NAT)
- Strokovna skupina za zunanje odnose (REX)
- Posvetovalna komisija za spremembe v industriji (CCMI)
EESO je poleg tega ustanovil tri posebne opazovalne skupine – za digitalni prehod in enotni trg (DSMO), za trg dela (OMT) in trajnostni razvoj (ODD) – ter ad hoc skupino za evropski semester in ad hoc skupino za temeljne pravice in pravno državo.
Namen povezovalne skupine je sodelovati z evropskimi organizacijami in mrežami civilne družbe ter spremljati skupne pobude.