Les principales instances du Conseil sont la présidence et les sessions du Conseil.
La présidence est composée de:
- un président et un vice-président, nommés par le gouvernement,
- un vice-président et un membre, nommés par les représentants des employeurs,
- un vice-président et un membre, nommés par les représentants des travailleurs.
Le gouvernement slovaque nomme le vice-premier ministre et le ministre de l'économie au poste de président du Conseil, et le ministre du travail, des affaires sociales et familiales en tant que vice-président. Le président gère les activités du Conseil et transmet au gouvernement les conclusions du Conseil. Il convoque également les sessions du Conseil et décide de leurs date, lieu et ordre du jour.
La présidence examine les questions de principe liées à la préparation des sessions du Conseil et soumet un programme prévisionnel; elle traite des conclusions des sessions du Conseil et peut voir ses attributions élargies par ce dernier. Enfin, la présidence convoque les sessions extraordinaires du Conseil.
Au cours de ses sessions, le Conseil élabore des accords et conclusions relatifs aux domaines précisés dans la rubrique "mission."
Les ministres et les secrétaires d'État sont chargés de transmettre leurs documents en vue des délibérations du Conseil. Le secrétariat du Conseil est chargé de l'organisation et de l'administration. Les dépenses liées aux activités du Conseil et de son secrétariat sont couvertes par le budget du Cabinet de la présidence slovaque; les partenaires sociaux prennent en charge les frais engagés par leurs membres respectifs.