Tous les deux ans et demi le Comité élit un Président et deux Vice-présidents choisis dans chacun des trois groupes, par rotation. Le Président est chargé de veiller à ce que les travaux du Comité soient effectués de manière efficace. L'un des Vice-présidents est responsable de la politique de communication, l'autre pour les questions budgétaires.
Par la même occasion, l'assemblée plénière du Comité élit un Bureau composé de 39 membres, y compris les présidents des trois groupes et six sections et un membre de chaque État membre. La tâche principale du Bureau est d'organiser et de coordonner les travaux des différents organismes du CESE et de définir les orientations politiques.
Les membres du Comité appartiennent à trois groupes:
- Employeurs (Groupe I),
- Travailleurs (Groupe II) et
- Diversité Europe (Groupe III)
et à six sections:
- Union économique et monétaire et cohésion économique et sociale,
- Marché unique, production et consommation,
- Transports, énergie, infrastructures, société de l'information,
- Emploi, affaires sociales et citoyenneté,
- Agriculture, développement rural et environnement,
- Relations extérieures.
Une Commission consultative des mutations industrielles et quatre observatoires - pour le Marché unique, le Développement durable, le Marché du travail et la Stratégie de Lisbonne - ont aussi été mis en place pour travailler dans ces domaines.
Le Comité se réunit en séance plénière neuf fois par an. Il adopte des avis à la majorité simple (la majorité des votants), avant de les transmettre au Conseil de l'UE, la Commission européenne et le Parlement.
Les membres, organisés en groupes, sections et observatoires, sont assistés dans leurs travaux par le Secrétariat du CESE, géré par le Secrétaire général, qui travaille avec deux secrétaires généraux adjoints et cinq directions.
Le CESE entretient des relations régulières avec les organisations régionales et les conseils économiques et sociaux dans toute l'Union européenne, à travers des échanges d'informations, des discussions et des conférences organisées conjointement. Le Comité entretient également des liens constants avec des groupes d'intérêts économiques et sociaux des pays et groupes de pays non-membres de l'UE. A cet effet, des comités consultatifs et de suivi, des groupes de contact et des tables rondes ont été mis en place avec les pays de l'Espace économique européen, la Turquie, les pays ACP, Inde, Amérique Latine, la région Est du voisinage de l'UE, les Balkans occidentaux, Euromed, la Chine, la Croatie, l'ARYM, le Brésil, le Japon. En outre, des délégations ont été mises en place pour assurer le suivi des relations avec d'autres pays et régions comme le Mercosur et le Chili.