Les organes du CES sont l'Assemblée plénière, le Bureau, le Bureau élargi, les Commissions, le CES élargi et le Secrétariat.
- L'Assemblée plénière se compose de tous les membres effectifs du CES. L'Assemblée plénière vote les avis préparés par les commissions, fait le point sur tous les travaux en cours et détermine les orientations à donner aux avis en préparation.
- Le Bureau est l'organe exécutif du Conseil économique et social. Il se compose du Président et des deux Vice-Présidents, ainsi que du Secrétaire général.
- Le Bureau élargi: En cas de besoin, le Bureau peut s'élargir à d'autres membres du CES.
- Des commissions spécifiques sont instaurées pour chaque avis à élaborer. Les travaux sont dirigés par un Président assisté d'un ou de plusieurs Rapporteurs choisis parmi les membres appartenant à la commission. Le ou les Rapporteurs sont secondés par le Secrétariat.-
- Le CES élargi est composé, selon les cas, par
- le CES luxembourgeois,
- la délégation luxembourgeoise du CES européen,
- la délégation luxembourgeoise du CES de la Grande Région transfrontalière.
- Le Secrétariat est placé sous la direction du Secrétaire général, auquel incombe l'organisation de l'encadrement des organes du CES, que sont l'Assemblée plénière, le Bureau et les commissions, de même que celui des trois groupes composant le CES. Le Secrétariat a en charge la gestion budgétaire et administrative.