La coopération du CESE avec d'autres institutions européennes est fondée sur le traité de fonctionnement de l'Union Européenne (TFUE-article 300). Selon le traité, le comité est consulté par le Parlement européen, le Conseil ou la Commission dans des domaines politiques prédéfinis. En outre, le Comité peut être consulté par ces institutions dans tous les cas où elles le jugent opportun. Les relations du CESE avec la Commission européenne et le Comité des régions sont structurées par un protocole de coopération. En outre, le Comité a établi des relations privilégiées avec les présidences tournantes du Conseil européen et la coopération entre le CESE et le Parlement européen a été renforcée avec l'entrée en vigueur du traité de Lisbonne.
Les partenariats sont des accords de coopération entre le CESE et des acteurs de la société civile organisée.